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Variantes y superdispersión
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En el contexto actual del país, cabría preguntarle al Gobierno: ¿cuál es la política en salud pública nacional para detectar y mitigar el riesgo de superdispersión, más allá de recomendar que no haya aglomeraciones?
La importancia de la superdispersión en la pandemia ha sido reportada de manera consistente. Tampoco es sorpresa, dado que el brote de Sars de 2002 y 2004 también siguió patrones similares de infección y fue, quizás, desde Typhoid Mary y la epidemia de Sida, el mejor ejemplo de superdispersión en epidemiología.
Sin embargo, abordar la superdispersión es complejo desde una perspectiva formal. Algunos modelos de compartimentos cuentan con tasas de contacto diferenciales, pero estos normalmente son destinados a contactos entre edades (crucial para la mayoría de las enfermedades respiratorias más comunes). Otros modelos incluyen parámetros de heterogeneidad en la cantidad de contactos, pero no han sido diseñados para modelar de manera dinámica, sino para hacer estimaciones más precisas de la tasa de infección de un patógeno. En resumen, sabemos que la superdispersión es crucial para entender la pandemia, tenemos evidencia bastante robusta y, sin embargo, incorporar el fenómeno al análisis formal ha sido un reto que, a mi juicio, es todavía una pregunta abierta.
Para explorar un poco la relación entre variantes y superdispersión (con algunas características diferentes de red), hice un modelo de agentes en el que se propaga un virus sobre una red. El modelo permite modificar varios parámetros, sin embargo, un principio básico de los modelos de agentes es empezar por los más simples (Kiss: Keep It Simple, Stupid), por lo cual decidí modificar la menor cantidad de parámetros posibles. La idea no es hacer un modelo realista, sino un modelo que sea analizable en sus resultados y que nos permita ver las características emergentes del cruce de variables de interés.
Dicho esto, el modelo dibuja una red con un número promedio de contactos por contacto. Una fracción de esos contactos se generan con el mecanismo de enlaces preferenciales ("preferential attachment") en el que los enlaces nuevos tienen mayor probabilidad de conectar con los nodos más centrales de una red. El objetivo de variar estos dos parámetros es simple: queremos ver cómo se modifican las tasas de infección de la red a medida que modificamos tanto el número de contactos promedio, así como la topología de la red y el impacto que esto tiene sobre el desarrollo de brotes de variantes con mayor o menor capacidad de infectar a los nodos (la probabilidad de infección de un nodo infectado conectado con uno susceptible en cada iteración de la simulación). Acá, un ejemplo de diferentes redes con el mismo número de nodos y contactos promedio, pero con una fracción de contactos (0, 6 y 12 por ciento) enlazados con los nodos más conectados.
Los resultados de este ejercicio tan esquemático muestran aspectos bastante interesantes del efecto de la topología sobre la dispersión de patógenos con diferentes tasas de infección. En primer lugar, a menor cantidad de contactos promedio en la red (filas), mayor es el impacto tanto de la superdispersión (columnas) como de las variantes (colores). Dicho de otra forma, ante una baja cantidad de contactos en la red, la superdispersión amplifica las diferencias entre variantes. Curiosamente, al aumentar la cantidad de contactos en la red, sucede justamente lo opuesto: la superdispersión aplana esas diferencias.
Dado que las redes de contactos entre humanos no son estáticas (no estamos siempre en contacto con las mismas personas), hice el ejercicio de simular una red dinámica (las conexiones cambian con los mismos criterios de construcción de la red). Los resultados son similares, pero los brotes parecen ser más amplios y menos agudos (la red tiene menos nodos por el costo computacional de dibujar la red en cada paso de cada simulación y por ende el brote es más corto en el tiempo).
En el país estamos afrontando —en gran medida a ciegas por la falta de vigilancia molecular que esté a la altura de los ingresos del país— este brote en el que variantes de interés y preocupación se han vuelto dominantes (como bien lo explica este hilo de Pablo Cárdenas) y con muchos aspectos preocupantes.
There's been some deserved attention to SARS-CoV-2 variants circulating in Latin America recently, now that #COVID19 genomic surveillance capabilities are starting to catch up. A couple days ago, @supercontra drew attention to a lineage gaining force within Colombia 1/11 pic.twitter.com/6s2rT95tzK
— Pablo Cárdenas R. (@pcr_guy) May 21, 2021
El mismo ministro de Salud ha resaltado (con fotos de pantalla, llamando cepas a las variantes y sin ningún tipo de evidencia adicional) la importancia de las variantes en este "doble tercer pico" (término acuñado por el ministerio, hasta donde yo sé). Está bien la falta de rigor para comunicar cosas urgentes, pero esto no puede ser el ejemplo del encargado de la salud pública en el país: una vulgar foto con celular de una pantalla de computador (que alguien por favor le enseñe a sacar un pantallazo), atribuyendo a las aglomeraciones de las protestas un incremento en contactos, en un despliegue de politización del Ministerio sin igual.
Quizás el ministro nos pueda decir por qué estas aglomeraciones sí derivaron en incremento de contactos y las del Día sin Iva (o Covid Friday) no. Bastante intrigante que las aglomeraciones promovidas por el Gobierno no deriven en aumento de casos y las de protestas, en cambio, sí. Imagino que deben tener argumentos muy técnicos para soportar estas afirmaciones, dada la exitosa campaña de contención del virus, que ya es una de las mayores tragedias del país. ¿Qué análisis derivaría en que en este contexto es recomendable hacer la Copa América, que el Gobierno se rehúsa a aceptar que es inviable?
Desafortunadamente los datos del @INSColombia muestran doble tercer pico de contagio en Bogotá, Cundinamarca, Boyacá y Nariño presumiblemente atribuible a nuevas cepas y aglomeraciones de semanas anteriores. Urge mantener medidas de distanciamiento. @MinSaludCol @infopresidencia pic.twitter.com/az5XG00thV
— Fernando Ruiz (@Fruizgomez) May 21, 2021
Quizás el ministerio tenga datos a los que yo no tengo acceso, imagino que Coronapp es un insumo muy valioso para discernir la diferencia entre las aglomeraciones del Día sin Iva y las protestas. Imagino que también están controlando para la cantidad de gente que se queda en casa por miedo a la pandemia, a las protestas y al Gobierno y sus Fuerzas Armadas descontroladas.
En Data Lama, con las líneas de ensamble que hemos desarrollado para apoyar la toma de decisiones con base en evidencia, tenemos —gracias a la colaboración con Servinforamción— una manera de estimar la superdispersión y la estructura de contactos de la red. Acá, para Bogotá, el número promedio de contactos en la red. Cuesta creer que con esta información disponible para las principales regiones del país, el Ministerio e Instituto Nacional de Salud hagan afirmaciones políticas apoyados apenas en una curva epidémica.
Lo que sugieren los datos y las simulaciones es lo siguiente: por un lado, los contactos promedio de la red han sido bajos desde enero de 2021. Por otro, la superdispersión ha tenido picos y valles con una leve tendencia al incremento en las últimas semanas. Esto, en el marco de las simulaciones, sugiere que a bajos contactos promedio y ante la alta probabilidad de superdispersión vamos a observar un efecto considerable de las variantes que tengan una ventaja biológica de transmisión sobre las demás. En otras palabras, tenemos una gran oportunidad para reducir el impacto de las variantes en el pico con adecuada vigilancia molecular y rastreo de contactos para identificar cadenas de transmisión específicas de cada variante.
Si, como dice Pablo Cárdenas en su hilo, la nueva variante colombiana —que rápidamente se ha vuelto dominante en buena parte del país— resulta ser más eficiente que la británica, brasileña e india (todas ya reportadas en Colombia), es crucial atender los focos de superdispersión. Si, por el contrario, las otras variantes que todavía no son dominantes (asumiendo esto con información escasa) se van a volver dominantes por tener una ventaja biológica, estamos ante el escenario que anuncia el ministro: en el que los eventos de superdispersión pueden ser determinantes.
De cualquier forma, es importante anotar que los datos sugieren que estamos en un escenario en el que la red no está en su máximo de contactos y con alta probabilidad de superdispersión, una ventana de oportunidad para tener un impacto en el brote actuando sobre la probabilidad de superdispersión. Cabría preguntarle al Gobierno, ¿cuál es la política en salud pública nacional para detectar y mitigar el riesgo de superdispersión, más allá de recomendar que no haya aglomeraciones?
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Esteban Giraldo González
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