Juan Carlos Martínez Sinisterra nació el 29 de enero de 1970 en Timbiquí, un municipio costero del departamento del Cauca. En la década de los años 80 se desempeñó como comerciante en Buenaventura, y años después obtuvo su título de Admnistrador de Empresas de la Universidad Santo Tomás.
Su carrera política inició en 1997 cuando fue candidato a la Asamblea del Valle por el Partido Liberal. Con cerca de 20 mil votos obtuvo la curul de diputado que ocupó hasta el año 2000. Dos años más tarde, bajo la bandera del Movimiento Popular Unido-MPU- llegó al Senado. Durante este período ocupó la presidencia de la Comisión de Presupuesto Nacional y la de Vigilancia del Organismo Electoral. En el 2006, Martínez logró hacerse reelegir pero esta vez por el partido Convergencia Ciudadana con 62.077 votos.
El 23 de abril de 2009, Martínez fue capturado por la fiscalía y llevado a la cárcel La Picota tras haber sido señalado como colaborador de las AUC en declaraciones del paramilitar alias 'H.H'. Sin embargo, la Corte Suprema de Justicia también lo estaba investigando por su relación con el narcotraficante Olmer Durán Ibargüen, alias 'El Doctor'. Cinco días más tarde, Martínez renunció a su curul y esta fue asumida por Juan de Jesús Cárdenas, ex gobernador del Huila y quien había sido sancionado por irregularidades en la contraración.
Desde la cárcel protagonizó varios escándalos: uno por la remodelación que hizo de su celda, que incluyó derrumbar un muro y que condujo a la destitución del director del centro penitenciario; y otro por la bulliciosa fiesta que organizó allí con motivo de su cumpleaños. Por ello, fue trasladado en febrero de 2011 al penal El Bosque de Barranquilla. De igual modo, también se conoció que desde la cárcel y en vistas de las elecciones de 2010, fundó la Alianza Democrática Nacional-ADN-, pero dado que la Registraduría no permitío inscripciones bajo este partido, Martínez decidió unirse con Luis Alberto Gil, otro ex senador preso, para fundar el Partido de Integración Nacional-PIN.
Tras haber sido llamado a juicio en diciembre de 2009, el ex senador finalmente fue condenado por la Corte Suprema de Justicia el 8 de junio de 2011. Martínez fue condenado a siete años y seis meses en prisión, además de pagar más de tres mil 400 millones de pesos como multa. El Tribunal lo condenó por concierto para promover grupos armados al margen de la ley, pues estableció que su curul en el Senado había sido lograda en convenio con los paramilitares de alias "H. H.", a quienes favoreció desde su cargo.
La trayectoria política de Martínez está íntimamente ligada con la familia Abadía, una de las más poderosas del Valle del Cauca. Su padrino político es Carlos Herney Abadía Campo, quien era dirigente liberal cuando Martínez inició su campaña a la Asamblea Departamental, aunque cuando este se posesionó Abadía había sido condenado dentro del proceso 8.000. Además, Abadía fue el fundador del MPU, partido por el que Martínez llegó por primera vez al Senado y cuyo caudal político terminó en las filas de Convergencia Ciudadana, partido que respaldó tanto la candidatura de Martínez en 2006 como las de Eleonora Pineda y Luis Eduardo Vives, condenados también por parapolítica. Junto a esto, se sabe que la relación de Martínez con Juan Carlos, hijo de Abadía y destituido gobernador del Valle, es bastante estrecha.
Por otra parte, Martínez cuenta con un importante fortín burocrático en el que se encuentra, de acuerdo con denuncias de la revista Cambio, una importante participación en la Corporación Autónoma del Valle, la Secretaría de Salud del Cauca, además de varias alcaldías y concejos municipales del suroccidente del país.
El 14 de marzo de 2012 un juez de ejecución de penas de Barranquilla le concedió a Martínez la casa por cárcel luego de que la defensa argumentara que el ex senador es padre cabeza de familia a raíz de la muerte de su esposa en febrero de ese año. Martínez fue trasladado a su casa en Yumbo, Valle del Cauca, en donde vive con sus tres hijos. Sin embargo, dos días después la Procuraduría General anunció que evaluaría si es procedente o no impugnar la decisión del juez.
En mayo de 2016, fue condenado a 48 meses de prisión por cohecho en un intento por favorecer al candidato Francined Cano en las elecciones atípicas de 2012 para la gobernación del Valle. Un año después y luego de cumplir siete años y medio en prisión por parapolítica y corrupción electoral, regresó a la contienda política para respaldar desde su partido Opción Ciudadana (antes PIN) a William Rodríguez, al Senado; Noris Cano de Paz, a la Cámara y Daniel Garcés, por el consejo comunitario de Bahía Málaga. Sin embargo, los candidatos se quemaron y no alcanzaron ninguna de las curules previstas.
En Abril de 2018, un juzgado de Cali lo condenó a seis años de prisión por enriquecimiento ilícito. El fallo se debe a que Martínez recibió 300 millones de pesos de parte de Ariel Rodríguez, lugarteniente de alias 'Rasguño', cuando ejercía como Senador. El caso está en apelación.