Fajardo nació en Nariño y es abogado de la Universidad Javeriana. Tiene una especialización en Ciencias Socioeconómicas de la misma universidad y una Maestría en Derecho Administrativo de la Universidad del Rosario.
Ha sido Secretario General de la Caja Agraria, de Telecom y de la Caja Social de Ahorros, y Vicepresidente Jurídico de la Cámara de Comercio de Bogotá.
También trabajó en la Procuraduría bajo el Procurador General Carlos Gustavo Arrieta. Primero fue Procurador Delegado para la Contratación Administrativa (1991-1992) y luego Delegado para las Fuerzas Militares (1993-1994) desde donde ayudó a reformar el Código Penal Militar. En ese cargo, entuteló a la Procuraduría porque no ganaba lo mismo que otros funcionarios de su mismo rango.
En 1998 trabajó como asesor del Ministerio de Defensa en contratación estatal, cuando el Ministro, nombrado por Andrés Pastrana, era Rodrigo Lloreda.
Se desempeñó como magistrado del Consejo de Estado desde 2006 hasta 2012, periodo durante el cual fue presidente de la Sección Tercera de la Sala de lo Contencioso Administrativo entre 2006 y 2007; vicepresidente del Consejo de Estado de 2010 a 2011 y presidente del Tribunal Supremo de lo Contencioso Administrativo de 2011 a 2012.
El 25 de enero de 2011 fue elegido presidente del Consejo de Estado, derrotando en la votación al también Consejero Alfonso Vargas. Reemplazó a Luis Fernando Álvarez Jaramillo, y en 2012 fue reemplazado por Gustavo Gómez Aranguren.
Como la mayoría de magistrados, ha sido profesor universitario. En su caso, lo ha sido en la especialización de Derecho Administrativo de la Universidad de Nariño y en las Universidades Javeriana, de los Andes, Santo Tomás, del Rosario y Externado.
Como lo contó La Silla Vacía, Fajardo fue el magistrado que lideró el grupo que consideró incorrecta la interpretación de quórum que hizo la Corte Suprema al momento de elegir a Viviane Morales como Fiscal General, fallo que significó la nulidad de su elección.
Fajardo estuvo en la Corporación hasta 2014. Despues pasó a desempeñarse como Árbitro Nacional del Centro de Arbitraje y Conciliación de la Cámara de Comercio de Bogotá, cargo que ostenta a 2018.
En la segunda vuelta de las elcciones presidenciales del 2018, respaldo la candidatura de Iván Duque en una carta abierta con otros abogados, exmagistrados y académicos que fue publicada en la página de Centro Democrático.