Bogotano nacido en 1967, Ortega es economista de la Universidad de los Andes, Máster en Finanzas, Economía y Matemáticas de la Universidad de Yale y candidato a Doctor en Desarrollo Económico de la misma universidad. Es hijo de Francisco Ortega, ex gerente del Banco de la República por 30 años.
Trabajó con Andrés Pastrana como Consejero Económico de la Presidencia de la República entre 2000 y 2002. Además, se desempeñó como director de Fogafin y Viceministro General de Hacienda durante el gobierno de Uribe y asesor del Banco Interamericano de Desarrollo. Antes había sido economista jefe del BBVA de Colombia y director del Departamento de Estudios Económicos del Departamento Nacional de Planeación, cuando el director general de esa entidad era Jaime Ruiz.
Además ha tenido una larga trayectoria como catedrático universitario y fue uno de los más destacados funcionarios del área económica de la administración Uribe, que incluso le ofreció ser el presidente del Banco Agrario en 2007. Pero Ortega prefirió seguir trabajando en el Banco Interamericano de Desarrollo en Washington, a donde había llegado de la mano de Luis Alberto Moreno.
De allí pasó a ser secretario de Hacienda de Bogotá de la Alcaldía de Samuel Moreno, una designación que dio lugar a varias críticas de parte de los copartidarios de Moreno, porque Ortega es un economista ortodoxo, muy alejado de las ideas del Polo Democrático.
Renunció a la Sceretaría cuando Juan Manuel Santos lo nombró director de la DIAN, donde trabaja en llave con el ministro de Hacienda, Juan Carlos Echeverry, quien advirtió sobre la necesidad de simplificar el sistema tributario y mejorar el recaudo para evitar la evasión, retos que corresponden a Ortega.
El 21 de enero de 2011, la Contraloría abrió una investigación en su contra por un presunto giro de 50 mil millones de pesos de más a la Corporación Autónoma Regional (CAR) de Cundinamarca entre 2008 y 2009. Al parecer, la Secretaría de Hacienda de Bogotá, que dirigía Ortega, le transfirió a la CAR el 15 por ciento del recaudo, pero incluyendo intereses de mora y sanciones a los contribuyentes, montos que normalmente no deben pagarse. Ortega se defendió diciendo que fue él quien detectó el error y lo denunció.
Ortega estuvo al frente de la DIAN hasta el 11 de Agosto del 2014, momento en el que fue reemplazado por Santiago Rojas. De ahí salió para el BID, donde asumió el cargo de consultor que aún tiene. En el 2018 su nombre estuvo dentro del sonajero para ser el Ministro de Hacienda de Iván Duque, pero finalmente el ministerio quedó en manos de Alberto Carrasquilla.