Con Amazonas camino a otro pico, la vigilancia de cepas de covid arranca, aunque lento

En Amazonas han muerto proporcionalmente más personas por covid que en Barranquilla o Bogotá, y hay temor de que llegue otra oleada, pues los casos ya están creciendo apresuradamente. Con una diferencia: que esta vez sería de la nueva variante brasileña del coronavirus, que es más transmisible que la que todos conocemos.

El caso de ese departamento, que se ve en el espejo de la ciudad brasileña de Manaos que tuvo un pico muy fuerte el año pasado y está pasando por otro muy alto, cuando se suponía cerca de la tranquilidad de tener inmunidad de rebaño, muestra que los retos que traen algunas variaciones del virus ya son una realidad en el país.

Y ocurre cuando la capacidad de Colombia para detectarlas es bastante limitada, y los planes para aumentarla apenas arrancan.

Nueva crisis en el Amazonas

Las autoridades de Leticia están preocupadas por el crecimiento de casos: en diciembre sumaron 90; en enero fueron 431; y del 1 al 3 de febrero ya iban 189.  

“En noviembre y diciembre, había camas vacías o muy, muy poquitas ocupadas, pero en enero empezó a llegar mucha gente”, dijo Dario Pulido, médico internista en la Clínica Leticia, a La Silla Vacía. 

Dice que eso le preocupa especialmente por el desgaste físico y emocional del personal de salud, y también porque las dos plantas de oxígeno de la ciudad, la de la Clínica y la del Hospital San Rafael, tienen una capacidad limitada. 

Por su parte, el médico Roberto Sandoval, coordinador de la unidad de covid del Hospital, reconoce que la situación es compleja pero la siente bajo control porque la planta de oxígeno está funcionando y hay reservas en balas.

El secretario de Salud, Héctor Hernández, ve que es difícil que puedan responder a una alta ocupación de las 28 camas de cuidados intermedios que hay en Leticia, y le confirmó a La Silla que es probable que declare una alerta roja en los próximos días.

Para los tres, esta arremetida de covid tiene que ver con la variante B.1.1.28.1/P1, que tiene a Manaos con hospitales desbordados, muertes disparadas y falta de oxígeno, y ya el año pasado, Leticia sucumbió a un brote muy fuerte justo después de Manaos. 

Y no lo dicen solo por ese patrón sino porque en la última semana el Instituto Nacional de Salud (INS) encontró tres casos de esa variante en personas de Leticia.

Sin embargo, por ahora, no hay evidencia de que el brote en Leticia sea por la P1. 

Incluso hay dudas de que lo de Manaos se deba a ella: según un artículo de la revista The Lancet, además de la variante hay dos hipótesis que pueden explicar lo que allí sucede:  que haya habido menos gente inmunizada de la pensada o a que esa inmunidad haya empezado a decrecer, posiblemente por las variaciones del virus.

De forma similar, en Amazonas hay otros factores que pueden explicar el repunte. En diciembre, por ejemplo, las autoridades flexibilizaron las restricciones como en buena parte del país y la gente bajó la guardia ante la sensación de que ya estaban cerca de la inmunidad de rebaño por el pico del año pasado. 

Además, el médico Pulido cree que el aumento de casos también se debe a que muy pocas personas se dedicaron a hacerle seguimiento a los casos de inicios de este año, cuando hacerlo era clave para controlar la epidemia en general (fue el corazón del fallido Prass) y es el primer paso para seguir las variaciones: al saber que hay casos y cómo se mueven, ellos ayudan a que el sistema pueda ver si son de variantes más peligrosas.

Si el sistema está ciego, o casi, como pasó allá, es mucho más difícil prender las alarmas.

Rastreando a ciegas

La vigilancia epidemiológica, en principio, es responsabilidad de los entes territoriales, pero en el Amazonas se retrasó por demoras en la contratación. 

Hernandez confirmó a La Silla Vacía que se demoraron y solo entre el 28 de enero y el 3 de febrero, cuando los casos ya estaban disparados y habían pasado semanas de noticias de la nueva variante en Brasil, formalizaron los contratos para 30 personas en el laboratorio de análisis de pruebas y 60 para hacer rastreo. 

A ellos se sumarán otros 18 rastreadores que, según Julián Fernandez-Niño, Director de epidemiología del Ministerio de Salud, se están contratando a través de la Unidad de Gestión del Riesgo y Desastre para que apoyen la vigilancia en el Amazonas.

El lío es que mientras no estaban, la epidemia creció, y aunque el INS envió dos equipos para que apoyaran la labor de vigilancia, siguen siendo muy pocos.

Ese problema de andar a ciegas no es solo es en Amazonas, sino que se repite en otras regiones. “Es un error estratégico de los gobernantes locales y del país. No puede perderse el recurso humano”, dijo al respecto Martha Ospina, directora del INS, a La Silla Vacía.

Más cuando no fue algo inesperado: el INS dice que ya había hecho el llamado a gobernaciones y alcaldías a tener las personas necesarias desde noviembre del 2020 y expertos lo venían diciendo desde antes, como la epidemióloga Silvana Bedoya que advirtió de ese riesgo en julio del año pasado en una charla con La Silla Vacía.

Por eso el INS tuvo que repetir ese llamado públicamente el 29 de enero: sin rastreadores no hay cómo hacerle seguimiento a la pandemia para evitar brotes abruptos, de los que obligan a cerrar ciudades y le dan espacio al virus para mutar.

El rastreo es particularmente difícil en el Amazonas, por la frontera selvática con el Brasil y la existencia de decenas de comunidades dispersas y poco comunicadas, que pueden tardar incluso días en llegar a las cabeceras municipales. 

Por eso Pablo Montoya, director de la ONG Sinergias, dijo a La Silla que ante la variante, la solución puede estar en priorizar al Amazonas en la vacunación. Con él concuerdan médicos consultados y el secretario Hernández, que plantea un “muro biológico” en la frontera para que la nueva variante del virus no pase al interior. 

Pero como lo que hay son solicitudes de priorizar más y más grupos poblacionales (como los maestros o los funcionarios de policía judicial), no es fácil que ocurra, aunque Fernández-Niño dice que pueden existir condiciones que lleven a “adaptar el plan, dados ciertos problemas emergentes como la aparición de variantes”. 

En todo caso, no sería sencillo ni rápido vacunar a esas comunidades alejadas, que necesitarían de vacunas que no requieran ultracongelación y sean fáciles de portar justo cuando, como contamos, en Amazonas no ha comenzado el alistamiento logístico para vacunar - y cuando nada que llegan vacunas al país.

Mientras tanto, para evitar la transmisión de la P1 al resto del país, el 28 de enero el Gobierno suspendió los vuelos desde y hacia Leticia, una primera muestra de que el problema no es solo local. 

Eso porque con una variante potencialmente agresiva ya en el país, más la posibilidad de que lleguen la británica o la sudafricana, que también se ha descubierto que son de las más transmisibles (la primera podría también ser más mortífera), u otras todavía no documentadas, la pandemia puede retomar fuerza y crear nuevas oleadas. 

Por eso el país se alista para poder detectar esas variantes antes de que sea demasiado tarde.

El país está vigilando pero no a tope

Hace casi un año, el país se enfrentó a la llegada del covid sin capacidad de hacer pruebas de diagnóstico, pero superó rápido el problema para tener 164 laboratorios capaces de hacerlo.

Pero lograr lo mismo para reconocer variantes o linajes, mediante la secuenciación de su información genética (genoma), es más complejo porque también necesita equipos y reactivos, y también ocupa a más personas y toma más tiempo. 

Secuenciar un genoma es conocer letra por letra la información genética, en este caso, de cada variante del virus. Un proceso costoso y lento, porque secuenciar una muestra, aunque en general se hace con varias, puede tomar hasta diez días.

Requiere fragmentar la información genética de las muestras, multiplicarla muchas veces, o sea producir millones y millones de fichas como de un rompecabezas, y después pasarlas a un computador capaz de analizar todos esos datos y, con ciertas instrucciones, armar los rompecabezas o las secuencias. Los volúmenes de información contienen decenas de gigabytes.  Por eso, se necesitan supercomputadores y expertos en bioinformática para analizar tal cantidad.

Una vez se tengan esas secuencias, se suben a las bases de datos mundiales para que otras personas las puedan consultar.  

“Si con 96 muestras uno puede tener 200 o 300 gigas, imagínese un laboratorio produciendo 1.500 muestras a la semana”, explica Marcela Guevara, directora del laboratorio GenCore, de la Universidad de los Andes, uno de los pocos que hacen secuenciación. 

Colombia empezó a hacer secuenciación para vigilar enfermedades no hace mucho, en 2016; hoy se están secuenciando cerca de 380 genomas de covid cada diez días.

El último reporte del INS muestra que hasta el 31 de enero se habían secuenciado 800 muestras del virus, se publicaron 327 de ellos y se identificaron 42 variantes del Sars-Cov-2, el virus que produce el covid. 

Esas 800 muestras son apenas menos del 0,04 por ciento de todos los casos confirmados de covid en el país, según datos del mismo INS, a pesar de ser un logro ya grande en Latinoamérica. 

Como aclaró el Instituto, la secuenciación no se hace con todas las muestras que se toman, pues este proceso depende de la calidad, la carga viral, el tiempo que ha transcurrido desde que se tomó y hasta la cadena de frío que las preserva. 

Para dar un salto, el INS consiguió 14 mil millones de pesos y convocó a 12 de los 164 laboratorios que hacen muestras, los que tienen la capacidad de secuenciar, para triplicar la capacidad y poder secuenciar 1.000 muestras cada diez días. 

Aunque suenen pocos, si se hacen cada 10 días, se lograría una cobertura mucho mayor de ahora en adelante pues, como explica Martha Ospina, serían “más o menos el uno por ciento de las pruebas positivas”. Es decir, se podría investigar la variante de algo así como el 1 por ciento de todos los nuevos casos.

Ospina enfatiza en que ese es el “techo” de la capacidad del país para hacer lo que se llama vigilancia genómica del virus. 

Aunque ese 1 por ciento puede parecer poco, si se entiende como una muestra estadística de lo que pasa no es tan poco; además, como explica Juan David Ramirez, director del Centro de Investigaciones en Microbiología y Biotecnología de la Universidad del Rosario, otro de los laboratorios de la red, “ es un gran logro, particularmente porque ningún país de Suramérica logra ese número”. 

Para aprovechar lo mejor posible ese esfuerzo, el INS, el líder en esta vigilancia, busca optimizar el muestreo con criterios claros para elegir cuáles muestras secuenciar.

Guevara los define así: 

• Los de personal de salud, por el contacto continuo con pacientes.
• Los de viajeros que vienen del extranjero y la población en frontera donde se ha detectado la variante brasileña
• Los de pacientes en UCI, para ver qué variantes tienen más impacto

Guevara cree que, aunque no se compara con las capacidades de países ricos como el Reino Unido que planea en marzo llegar a secuenciar 20.000 genomas a la semana, con ese 1 por ciento se sabrá qué variantes circulan en el país para que el Ministerio y otras autoridades puedan minimizar su impacto.  

Es decir, para no andar a ciegas; como dice Jaime Castellanos, investigador en biología molecular de los virus, la vigilancia genómica no va a resolver la pandemia “pero tener datos temprano y robustos del seguimiento de las variantes tiene un impacto real en la toma de medidas de salud pública”. 

Sin embargo, todavía falta para llegar a ese 1 por ciento, que permita tomar las mejores medidas. Eso porque para secuenciar se necesitan expertos en áreas como biología, matemáticas, química o computación, y porque los equipos y reactivos para hacerla, que hay que importar, son caros. 

El INS informó que ya compró reactivos para hacer 1.000 secuencias con plata del Fondo de Emergencias para el Covid, Fome, y que está esperando que lleguen al país. Una demora que para Julián Villabona-Arenas y Marcela Guevara, expertos en el tema, responde a que por la poca inversión en ciencia los elementos para esta vigilancia genómica tienen que ser importados, y es más demorado por las políticas de importación. 

Mientras eso pasa, y además se consiguen los siguientes reactivos, el coronavirus sigue variando como hacen todos los virus, y las tres variantes van creciendo en diferentes regiones del mundo. 

Como le dijo el virólogo Julián Villabona-Arenas a La Silla, mientras la vigilancia no arranque en forma y el virus se sigue transmitiendo, es “mayor la posibilidad de que aparezca una variante con efectos indeseables”.

Por eso, y porque al final lo que hay es una carrera contra el tiempo para que la vacunación masiva frene el virus antes de eso, la demora en empezar este proceso puede resultar cara. Pero que haya arrancado, puede ser una noticia tan importante como la de poner la primera vacuna.