Juan Carlos Pinzón nació en Bogotá. Es economista de la Universidad Javeriana con maestría en políticas públicas de la Escuela de Asuntos Públicos e Internacionales Woodrow Wilson de Princeton.
Pinzón fue secretario privado de Santos cuando éste fue Ministro de Hacienda, y años después se desempeñó como Viceministro de Defensa con Santos como Ministro. Se conocen desde que Pinzón, muy joven, entró a la Fundación Buen Gobierno.
Viene de una familia de tradición militar. Su padre es el coronel Rafael Pinzón, y está casado con María del Pilar Lozano, también hija de militar.
Pinzón también trabajó varios años en el sector económico. Fue vicepresidente para la Banca de Inversión de Citigroup en Colombia, vicepresidente de Asobancaria cuando la presidente era Patricia Cárdenas (hermana de Mauricio Cárdenas), trabajó en la Federación Nacional de Cafeteros y fue asesor del director ejecutivo del Banco Mundial.
Como Viceministro de Defensa, estuvo a cargo del manejo del presupuesto y del proceso de modernización de las Fuerzas Militares.
En 2010 fue nombrado por el Presidente Juan Manuel Santos como el nuevo secretario general de Presidencia.
El 31 de agosto de 2011, Santos lo nombró como reemplazo de Rodrigo Riveraen el Ministerio de Defensa. Una de sus mayores labores ha sido combatir la percepción de inseguridad en el país, acabar con las rencillas internas y fortalecer la imagen de la Policía. Bajo su gestión se dieron algunos de los golpes más duros a las Farc, como lo fue la Operación Armagedón del 26 de marzo en el Meta.
Juan Manuel Santo anunció el 19 de mayo del 2015 su nombramiento como embajador en Estados Unidos. Ese mismo día Santos anunció que su reemplazo como Minsitro de Defensa sería Luis Carlos Villegas (quien ocupaba el cargo en Washington).
Una de las funciones más importantes de Pinzón como embajador fue preparar la primera reunión entre Santos y el presidente norteamericano, Donald Trump, que ocurrió en mayo. Una vez culminada, Pinzón pasó su carta de renuncia para no inhabilitarse en una posible carrera a la Presidencia, avalado por el Partido de La U.
En 2017 rompe relaciones con el presidente Juan Manuel Santos y anuncia su candidatura por firmas a la Presidencia. Luego de reunir más de medio millón de firmas, inscribió su candidatura en febrero de 2018. Un mes después, el candidato de Cambio Radical Germán Vargas lo escoge como su fórmula vicepresidencial y Pinzón retira su candidatura.
Tras la quemada de Vargas Lleras en la primera vuelta de las elecciones del 2018, Pinzón asumió como presidente de la Fundación para el Progreso de la Región Capital – ProBogotá, una organización privada sin ánimo de lucro creada por 34 empresarios que “busca contribuir a hacer de Bogotá y la región un mejor lugar para vivir, trabajar e invertir.” – dice su página web.